En la Facultad de Ciencias Físicas se encuentra ubicado un Museo de Instrumentos Científicos. Este Museo forma parte del Patrimonio Histórico de la UCM y fue inaugurado formalmente el 26 de noviembre de 2012 por el entonces Excm. Rector de la UCM, Don José Carrillo Menéndez.

La colección de instrumentos que forma el Museo ha ido recopilándose a partir de su ubicación original en distintas dependencias de la Facultad, y actualmente se exhibe en vitrinas distribuidas en las distintas plantas del edificio. Algunos aparatos de mayor envergadura se exhiben independientemente. 

La creación y mantenimiento de este Museo ha contado con la inestimable colaboración de los Profesores de la Facultad Bonifacio de Andrés y Germán González, responsables actuales del Museo, así como del Museo Nacional de Ciencia y Tecnología (MUNCYT) en el que actualmente se ubica también una buena parte de instrumentos pertenecientes a la Facultad. 

Todos los instrumentos están catalogados, como puede verse en el Catálogo que se adjunta, y además existe una página web del Museo que permite localizar su ubicación y acceder a una pequeña ficha para cada instrumento en la que se describe su historia, características, etc.